С момента последней крупной схватки с Фестумами минуло два года. Жители острова Тацумия постепенно возвращаются к своей прежней размеренной жизни. Казуки Макабэ, ослепший с тех пор, с каждым днём всё больше теряет веру в обещание, данное ему Соши прямо перед своим исчезновением, что он вернётся, и всё вновь станет по-прежнему. Но всё меняется однажды ночью с появлением

Мега-корпорация «Дедал Групп» подвергается террористической атаке небольшой группы активистов, известных как Дух Икара. Во время лечения жертвы взрыва Блэк Джек встречает доктора Кирико, также известного, как Воплощение Смерти, который вместо того, чтобы спасать своих пациентов, предлагает им безболезненную смерть. Когда группа активистов просит обоих врачей о сотрудничестве,

За суровым и пугающим поведением «Дикого медведя» из отдела продаж Ёкодзавы Такафуми скрывается добрая и чувствительная душа. Во время тяжелых личных переживаний, произошедших с ним в оригинальной серии аниме, он тонет в своем горе, но его жизнь закручивается в вихре событий после случайной встречи с Киришимой Дзен, главным редактором журнала «Дзяпун».