Приключение перерастает в сражение: на сцену выходит Мьюту - покемон, созданный био-инженерией из ДНК Мью, редчайшего из всех покемонов. Стремясь доказать свое могущество, Мьюту заманивает Эша, Пикачу и остальных на невиданный в истории матч покемонов. Мьюту против Мью. Супер-клоны против покемонов. Это - решающее сражение, и от его исхода зависит судьба мира!

Вместо того, чтобы продать единственное имущество их бедной семьи - корову, которая больше не дает молока, Джек умудряется поменять ее на 5 волшебных бобов. Раздосадованная мать выбрасывает бесполезные бобы. Но за ночь они вырастают до небес и Джек вскарабкивается по стеблю вместе со своим верным псом Кросби. Там за облаками в огромном замке он встречает прекрасную принцессу

Лидер команды «Р» Джованни находит Мьюту в тихом и удалённом месте под названием Джото. Чтобы заманить Мьюту в ловушку, принимается решение захватить в плен нескольких покемонов-клонов.

Накануне 16-летия неуверенная в себе девушка Аканэ по поручению мамы отправляется в магазинчик сувениров, чтобы забрать свой подарок. Когда она обнаруживает, что её рука идеально совпадает со странным отпечатком в камне, к вящему удивлению хозяйки магазина Ти из подвала вдруг вылезает незнакомый мужчина. И заявляет, что он — алхимик по имени Гиппократ, а Аканэ должна

В секретной лаборатории для уничтожения человечества создаётся покемон Мьюту. Узнав о своей миссии, он восстаёт против создателей.

15 августа нам сказали, что мы проиграли войну. В тот момент мы этого полностью не осознали. Вскоре все изменилось; на острове появилось множество людей в форме, которой мы никогда прежде не видели. Это был день, когда я встретил Таню.