Тома и Индекс встречают девушку нулевого уровня по имени Ариса прямо перед завершением постройки космического лифта под названием «Эндимион» в Академия-сити. Девушка, как водится, оказывается источником всех проблем: за ней охотятся некие под предводительством некой Шаттауры. При этом, по словам Стейла, Ариса является причиной войны между Академия-сити и магами.

Однажды три юных существа, которые живут на далёком острова в океане, увидели фотографию человека. Троица решает покинуть родной дом и отправиться в мир людей навстречу приключениям.

Воздушный флот организации WILLE успешно проводит парижскую операцию: отбивается от армии беспилотных роботов, активирует гигантский уплотнительный столб, восстанавливает город и заполучает боеприпасы и запчасти «Евангелионов». А в это время потерявший волю к жизни из-за смерти Каору и чуть было не устроенного им самим Четвёртого удара Синдзи вместе с Рэй послушно следует за