Из-за своих паранормальных способностей, маленьких братьев Наото и Наоя забирают у родителей и помещают в научно-исследовательский центр. Спустя пятнадцать лет им удаётся сбежать, но мир за это время стал совсем другим.

В Японии происходит ряд убийств. Возле тел всех погибших находят кость маджонга масти пин разного достоинства. Японская полиция подозревает, что это дело рук серийного убийцы и созывает инспекторов со всех префектур Японии для расследования. Кроме того, по специальному приглашению, к расследованию присоединяется и Когоро Мори. Конан узнаёт детали совещания полиции, а также

300 лет назад неудачный генетический эксперимент привел к мутации всех лесов на Земле. Наделённая сознанием растительность стремилась уничтожить всё человечество, что привело к опустошающей войне. Маленький мальчик Агито живёт с отцом в деревне, которая поддерживает шаткое перемирие с соседним лесом. Однажды Агито, направляясь за водой, находит девушку, спящую в таинственной