Экипажу космического крейсера «Ямато» вновь приходится защищать планету от нападений красноглазых штурмовиков Тёмной империи, силы которой со времени последнего поражения значительно возросли. На сей раз пришельцы угрожают Земле огромной бомбой.

Киномото Сакура, повелительница волшебных карт Клоу, выигрывает в лотерею и едет в Гонконг, где странные сны приводят ее к заключенной в тюрьму волшебнице, тесно связанной с создателем карт.

После сражения с Империей Кометы «Ямато» возвращается на Землю. К его экипажу присоединяется несколько новых членов. Деслер летит на Гамилус, чтобы отдать дань памяти родной планете, и сталкивается с флотом империи Черной Туманности, который занимается на планете добычей руды. Империя Черной Туманности собирается напасть на Искандар, и Деслер обращается за помощью к Кодаю и