2062 год. В мире идет война. Две сверхдержавы ведут кровопролитные сражения за контроль над космическим лифтом. Одна из сторон решает воспользоваться пространственно-временной вибрирующей бомбой — самым разрушительным оружием, созданным человеком — в надежде, что это положит конец войне. Во время проведения операции Кэи Кацураги, один из пилотов, отправленных на это задание,

В далёком будущем на человечество нападает инопланетная раса Мазонов, которая начинает истреблять людей. При этом земное правительство не принимает усиленных попыток борьбы за независимость, довольствуясь нынешнем положением. Так капитан Харлок вместе со своим экипажем и звездолётом «Аркадия» решает в одиночку веcти борьбу против инопланетных агрессоров, в частности Мазонов,