Эдогава Конан, Мори Ран (毛利 蘭), Мори Когоро (毛利 小五郎) и Судзуки Соноко (鈴木園子) вместе с другими гостями приглашены попробовать новейшую виртуальную игру на вечеринке, где вскоре происходит загадочное убийство. И теперь Конану предстоит раскрыть преступление, выяснив личность убийцы как в реальном, так и в виртуальном мирах, ведь жизни сорока девяти людей, участвующих в игре,

Во время церемонии открытия новых небоскрёбов происходит серия убийств. Конан Эдогава немедленно приступает к расследованию, но вскоре здание сотрясает мощный взрыв.

Ран становится свидетелем убийства детектива Сато. От шока она теряет память. Детектив Конан должен помочь ей восстановить память и найти убийцу.

В городе происходят нападения и убийства людей, которые были причастны к увольнению Когоро Мори – доблестного полицейского, прослужившего много лет в городском отделе. И только детектив Конан может раскрыть намерения преступника и узнать правду о том, что произошло десять лет назад.

Детектив Конан противостоит сумасшедшему взрывателю. Обезвреживая бомбы одну за другой, Конан должен успеть остановить его прежде, чем он взорвёт огромный небоскрёб в центре города.

Шиничи Кудо — детектив-старшеклассник, прозванный за свои потрясающие успехи в раскрытии самых сложных преступлений «современным Шерлоком Холмсом». Шиничи обожает вмешиваться в расследования полицейских и выводить преступников на чистую воду. Только вот однажды его любопытство сыграло с ним злую шутку. На свидании со своей подругой детства, Ран Мори Шиничи стал свидетелем

Друг Люпена III, легендарный самурай Гоэмон, становится телохранителем босса якудзы. Но защитить клиента от нападения убийцы Гоэмон не сумел. Теперь для него дело чести найти убийцу, который окажется весьма опасным противником. К тому же у врага свои счёты с Люпеном.

В детективное агентство Конана Эдогавы поступает звонок от шантажиста, но выясняется, что звонивший ошибся номером. Голос преступника напоминает Конану его старого друга и детектива Хэйдзи Хаттори из Осаки. Вместе они решают раскрыть это дело и найти украденный драгоценный камень, за которым также охотится известный вор Кайто Кид.

Профессор Агаса похищен. Конан Эдогава и его друзья начинают собственное расследование.

Школьница Соноко Судзуки пишет сценарий детективной пьесы для школьной постановки. Действие вращается вокруг загадочного преступления и частного детектива, которого планирует сыграть сама Соноко. Однако Аи Хаибара указывает Соноко на несколько нестыковок в дедуктивной линии сценария. Чтобы исправить ошибки, Соноко обращается к Конану Эдогаве.

История детства Конана Эдогавы и его друзей, которые 10 лет назад не приняли противоядие APTX 4869. Их мечта — стать детективами.