Профессор Агаса похищен. Конан Эдогава и его друзья начинают собственное расследование.

Школьница Соноко Судзуки пишет сценарий детективной пьесы для школьной постановки. Действие вращается вокруг загадочного преступления и частного детектива, которого планирует сыграть сама Соноко. Однако Аи Хаибара указывает Соноко на несколько нестыковок в дедуктивной линии сценария. Чтобы исправить ошибки, Соноко обращается к Конану Эдогаве.

История детства Конана Эдогавы и его друзей, которые 10 лет назад не приняли противоядие APTX 4869. Их мечта — стать детективами.

История противостояния Золотого Роджера и Сики на фоне казни короля пиратов.

Неуловимый вор Кайто Кид планирует украсть драгоценный камень «Слеза Артемиды», который находится в отеле на удалённом острове. Конан Эдогава и его друзья, также находящиеся на этом острове, всеми силами стремятся остановить Кида.

Диана приглашает Конана Эдогаву и его друзей посетить Лондон. После возвращения в Японию Аи Хаибару начинает разыскивать подозрительный мужчина в чёрном, а позже выясняется, что Ая выглядит точь-в-точь как известная киноактриса Грэйс Аихара.

Профессор Агаса просит Конана Эдогаву посетить бейсбольную игру, в которой участвует Минаэ — единственная девушка в команде. Минаэ приходится нелегко, а тренер считает, что ей не хватает уверенности в себе. Направляясь на скамейку запасных, она спотыкается о бейсбольную биту, которую легендарный игрок Мацуи Хидэки когда-то воткнул в землю. Согласно легенде, любой игрок,

Принцесса Минерва решает организовать турнир на звание лучшего воина. Победитель турнира станет телохранителем принцессы и получит щедрое вознаграждение. Но ситуация принимает неожиданный оборот, когда в дело вмешивается злая колдунья.

История детства и зарождения соперничества музыкантов Такэси, Косэя и Эми.

Хакерша Хельба собирает вместе всех главных персонажей предыдущих сериалов и игры, заставляя их разгадывать тайну загадочных убийств их товарищей-игроков, ключ к которой якобы находится в Сумрачных Горячих Источниках.

Нагаи не нравятся женщины. Ему также не нравятся мужчины. Ему нравится только один человек – его сослуживец, Сайто. Но вот Сайто женится, а Нагаи так ничего ему и не сказал. Его сердце разбито, он ненавидит невесту, ревнует жениха и страшно зол на весь мир. Вторую половину свадьбы Нагаи коротает в баре, заливая горе спиртным. Вдруг к нему подсаживается гость со стороны