Второй полнометражный фильм по аниме-сериалу «Тетрадь смерти», представляющий собой компиляцию последних 12 серий с дополнением нескольких сцен. Этот фильм начинается с 10-минутного монолога L, в котором он рассказывает все, что знает о Кире.

Известный вор Кайто Кид планирует украсть у королевы самый большой топаз Европы «Мать кристаллов», воспользовавшись задержкой её поезда. Но Киду придётся сильно попотеть, поскольку драгоценный камень хорошо спрятан в одном из вагонов. В этом же поезде находится и детектив Конан Эдогава, который ожидает появления Кида.

Знаменитый вор Кайто Кид заявляет, что в ближайшее время он собирается украсть особый меч, который хранится в додзё семьи Минэ. Детектив Конан Эдогава, Когоро Мори и остальная команда прибывают на место, где встречают Яибу Куроганэ. Вместе они готовятся помешать Киду осуществить задуманное, но Конан начинает подозревать, что здесь что-то не так.

Конан с друзьями идёт в новый Токийский аквариум. Там, под колесом обозрения, он замечает девушку с разноцветными глазами. Она не помнит ни своего имени, ни своего прошлого. Конан обещает помочь девушке и вернуть её воспоминания.

Шуичи Акай стал мишенью таинственного снайпера так же, как и Масуми Сэра . Токио в панике, жители боятся попасть под огонь снайпера, о котором ничего неизвестно. Почему под прицелом оказалась Сэра? Сможет ли Акай выжить в этой передряге? Джоди Старлинг и Субару Окия также втянуты в происходящее. ] Конана предстоит новая проверка: сможет ли он отыскать и арестовать

В Японии происходит ряд убийств. Возле тел всех погибших находят кость маджонга масти пин разного достоинства. Японская полиция подозревает, что это дело рук серийного убийцы и созывает инспекторов со всех префектур Японии для расследования. Кроме того, по специальному приглашению, к расследованию присоединяется и Когоро Мори. Конан узнаёт детали совещания полиции, а также

События 11-ого фильма происходят в Тихом океане на острове Коми. Из поколения в поколение на этом острове передается легенда о «Подводном дворце» — древних руинах на морском дне, где были спрятаны сокровища двух женщин-пиратов: Энн Бонни и Мэри Рид (которые действительно существовали 300 лет тому назад). Во время отпуска на острове ] Когоро Конан Ран и «Команда юных

В городе происходят нападения и убийства людей, которые были причастны к увольнению Когоро Мори – доблестного полицейского, прослужившего много лет в городском отделе. И только детектив Конан может раскрыть намерения преступника и узнать правду о том, что произошло десять лет назад.

Детектив Конан противостоит сумасшедшему взрывателю. Обезвреживая бомбы одну за другой, Конан должен успеть остановить его прежде, чем он взорвёт огромный небоскрёб в центре города.

В детективное агентство Конана Эдогавы поступает звонок от шантажиста, но выясняется, что звонивший ошибся номером. Голос преступника напоминает Конану его старого друга и детектива Хэйдзи Хаттори из Осаки. Вместе они решают раскрыть это дело и найти украденный драгоценный камень, за которым также охотится известный вор Кайто Кид.