2034 г нашей эры. Прошло два года с тех пор как Мотоко Кусанаги, ушла из 9 отдела. Тогуса - теперь новый лидер команды, в которой теперь сильно увеличено количество персонала. Расширенный новый 9 отдел противостоит множеству сложных инцидентов, и исследования показывают, что отличный хакер, названный Кукольником - виновник всего ряда событий. Ряд интригующих инцидентов,

Кабуто Кодзи с боевыми товарищами летит на каникулы в Европу, когда остатки Микенских войск снова решают атаковать. В бой их ведет лично Генерал Тьмы, а значит опять есть работа для Мазинкайзера.

Юта и Рикка учатся в старшей школе. Но Тока заявляет, что заберет Рикку в Италию, так как они должны жить вместе. Друзья предлагают Юте, который не хочет расставаться со своей возлюбленной, бежать вместе с ней.