Дополнительный эпизод, рассказывающий о событиях, произошедших после аниме-сериала «Детективное агентство Милки Холмс». В центре сюжета операция по освобождению Кокоро Акэти, лидера полицейского подразделения «Г4», из рук похитителей. Как вскоре выясняется, девушка была похищена маленькой девочкой Ирэн Доалой, решившей заработать денег для своего отца и вознамерившейся

Кайто Кид вновь бросает вызов полиции. Он сообщает, что планирует украсть одно из яиц Фаберже, которое хранится в Осаке, с указанием дня и времени кражи. Понимая, что полицейские вряд ли смогут остановить Кайто Кида, в игру вступает детектив Конан Эдогава.

Однажды на парня по имени Соран, который пришел навестить могилу дедушки, прямо на кладбище нападают зомби. Но внезапно из ниоткуда появляется девушка, которая ловко расправляется с нечистью с помощью кухонных ножей. Позже Соран встретит эту девушку в своём университете, и с этого момента его жизнь уже не будет прежней.

В своих странствиях Юта и Мана встречают женщину, которая, кажется, стала бессмертной и теперь пытается убить своего сына...

Будущее. Современные технологии позволяют людям загружать своё сознание в киберпространство, пока их тела хранятся в специальном бассейне. Однажды все, кто загрузил сознание в киберпространство, впадают в кому или погибают. После этого инцидента парень Рема посещает пустую квартиру сестры Сики, которая также использовала данную технологию. Вскоре Сики появляется на пороге,

Пытаясь восстановить утерянные воспоминания, вооруженный ножницами парикмахер оказывается в эпицентре борьбы за власть среди враждующих фракций.

Специальный эпизод, завершающий основную сюжетную линию оригинального аниме «Данганронпа 3: Конец школы надежды — Будущее».

История первая. Микия временно отдаёт Сики свою кошку, поскольку ему нужно уехать. Сики не особо рада такому повороту событий, но деваться ей некуда. История вторая. С мыслями о самоубийстве Рирису приезжает в то место, где близкий ей человек покончил с собой. Там она случайно встречает Фудзино — слепую одноклассницу с тяжёлым прошлым. История третья. Микия впервые хочет