Экипажу космического крейсера «Ямато» вновь приходится защищать планету от нападений красноглазых штурмовиков Тёмной империи, силы которой со времени последнего поражения значительно возросли. На сей раз пришельцы угрожают Земле огромной бомбой.

Первый фильм представляет собой компиляцию всех серий оригинального сериала с новой последовательностью повествования.

Первый эпизод — адаптация двух бонусных глав, включённых в 12 том манги «Йона на заре». 1. «На пути домой» — описывает инцидент, произошедший с главными героями на горячем источнике. 2. «] ]» — рассказывает историю прошлого Белого Дракона Ки Джа. Второй и третий эпизоды адаптируют не вошедшее в сериал окончание арки Зено и идут в качестве бонусов к 21 и 22 томам манги.