Экипажу космического крейсера «Ямато» вновь приходится защищать планету от нападений красноглазых штурмовиков Тёмной империи, силы которой со времени последнего поражения значительно возросли. На сей раз пришельцы угрожают Земле огромной бомбой.

Первый фильм представляет собой компиляцию всех серий оригинального сериала с новой последовательностью повествования.

Первый эпизод — адаптация двух бонусных глав, включённых в 12 том манги «Йона на заре». 1. «На пути домой» — описывает инцидент, произошедший с главными героями на горячем источнике. 2. «] ]» — рассказывает историю прошлого Белого Дракона Ки Джа. Второй и третий эпизоды адаптируют не вошедшее в сериал окончание арки Зено и идут в качестве бонусов к 21 и 22 томам манги.

Синдзиро Хаята — сын Сина Хаяты, который был первым Ультраменом — наделён особенной силой. Однако узнаёт он об этом лишь когда подвергается нападению неизвестных. Ультрамен спасает Синдзиру и рассказывает о том, что он — его отец. Синдзиро надевает костюм Ультрамена, предоставленный мистером Идом, бывшим членом Специального научного поискового отряда, и решает отныне во всём