Первый фильм трилогии, показывающий битву против братьев Такахаши — Кэйскэ и Рёскэ.

Мальчик Эш отправляется со своим первым покемоном Пикачу в путешествие с целью стать величайшим Мастером Покемонов на свете. По пути к нему присоединяются Брок, повернутый на девочках тренер каменных покемонов, и девчонка-сорванец Мисти, тренер водяных покемонов, которой, похоже, приглянулся Эш. Друзья путешествуют по всей стране, участвуя в различных соревнованиях покемонов.

Лидер команды «Р» Джованни находит Мьюту в тихом и удалённом месте под названием Джото. Чтобы заманить Мьюту в ловушку, принимается решение захватить в плен нескольких покемонов-клонов.

Покемон Мьюту скрывается в диких землях от преследования охотника за покемонами Данку. Чтобы выследить легендарного покемона, Данку решает пойти на хитрость.